Franzensbad werd opgericht op 27 april 1793 als een dorp van de toenmalige keizer Franz en in 1807 werd ze officieel bekroond met de naam van Františkovy. De stad werd genoemd naar keizer Frans I, die wordt beschouwd als de grondlegger.

Vanaf het ogenblik dat een houten colonnade met een badhuis en diverse andere wellnesshuizen er opgetrokken werden, werd dit dorp al snel één van de meest populaire Europese kuuroorden.

In 1865 bevorderde keizer Franz Joseph I. Františkovy tot stad. Na het maken van een verbinding met Saksen en Beieren door het aanleggen van het Tsjechische spoorwegnet, kon dit kuuroord volledige bekendheid krijgen in de periode voor de 1e Wereldoorlog.
 

Tijdens de hoogdagen, bereikte de stad jaarlijkse tot 20.000 patiënten en bijna 80.000 zogenaamde tijdelijke spa-toeristen.

​

Tijdens de jaren '20 en '30 van de vorige eeuw kon Františkovy Lázně pronken met het bezoek van de beter gegoede bevolking, die minstens één keer per jaar de spa bezochten.

 

Na de Tweede Wereldoorlog werd de spa genationaliseerd en maakte deel uit van één geheel aan kuuroorden van de Tsjecho-Slowaakse staat. Hierdoor werden maar een beperkt aantal buitenlandse klanten tot de spa toegelaten. Goede artsen en medisch personeel bleven echter, zodat de werking van het kuuroord behouden werd.

 

In 1992 werd Františkovy Lázně uitgeroepen tot een beschermd stadsgezicht en werden de belangrijkste gebouwen gerestaureerd.

​